Glavni kompleks histokompatibilnosti (MHC) je skup molekula na površini ćelija, kodiranih velikom porodicom gena koja kontrolira glavni dio imunog sistema svih kičmenjaka. MHC molekule posreduju u interakcijama leukocita pa se također nazivaju i leukocitnim. Te molekule su osnova imuniteta i skupa sa leukocitima i ostalim ćelijama čine imuni sistem organizma. MHC određuje i kompatibilnost donora za transplantaciju organa kao i podložnost na autoimmune bolesti preko unakrsne imunizacije. Kod ljudi, MHC se naziva ljudski leukocitni antigen (HLA, skr. od human leucocyte antigen)
Dakle, na površini svake ćelije nalaze se molekule koje su jedinstvene za svaku osobu. Putem molekula glavnog kompleksa histokompatibilnosti, tijelo može razlikovati sopstvene i strane supstance. Sve ćelije koje imaju iste molekule glavnog kompleksa histokompatibilnosti ne izazivaju imuni odgovor, a odbacuje se svaka ćelija koja nosi drugačije molekule glavnog kompleksa histokompatibilnosti.
Ćelije imunološkog sistema, između ostalih, imaju i memorijske sposobnosti pa mogu da “nauče” razlikovati vlastito od stranog. Još u fetusnoj fazi ontogeneze, kada počinje razvoj imunog sistema, matične ćelije odlaze u timus, gdje se dijele i razvijaju u T-limfocite. U daljoj fazi, unutar timusa, svaki T limfocit koji reagira na sopstvene molekule glavnog kompleksa histokompatibilnosti timusa, biva odstranjen. Svim T limfocitima koji podnose glavni kompleks histokompatibilnosti timusa i budu kompatibilne sa ćelijama koje izražavaju jedinstvene tjelesne MHC molekule, podobne su za sazrijevanje, tj. biva im "dozvoljeno" da sazriju i napuste timus.
Svaka MHC molekula na ćelijskoj površini ispoljava osobenu molekulsku frakciju proteina zvanu epitop.[1] Ispoljeni antigen može biti self ili nonself. U suštini, MHC kompleks je kao mjerilo koje odražava ravnotežu bjelančevina unutar ćelije.[2][3]